• Институт за анатомија www.anatomija.mk
  • Институт за имунобиологија и хумана генетика www.iibhg.ukim.edu.mk/index.html
  • Институт за медицинска физиологија и антропологија
  • Институт за микробиологија и паразитологија
  • Институт за медицинска и експериментална биохемија
  • Институт за медицинска хистологија и ембриологија
  • Институт за патолошка анатомија
  • Институт за епидемиологија и биостатистика со медицинска информатика
  • Институт за судска медицина и криминалистика
  • Институт за патолошка физиологија и нуклеарна медицина
  • Институт за претклиничка и клиничка фармакологија со токсикологија
  • Институт за социјална медицина