Деканот е раководен орган.
Деканот го застапува и го претставува Факултетот во земјата и во странство, во согласност со Статутот на Универзитетот.
Вршењето на должноста декан е неспоиво со вршењето на друга државна функција или функција во политичка партија.

ДЕКАН

                                 Проф. Д-р Соња Топузовска, Редовен професор по предметот Биохемија


ПРОДЕКАНИ
  Продекан за специјализации и субспецијализации:
  Проф. Д-р Игор Кафтанџиев, Вонреден професор по предметот Хирургија
 Продекан за настава:

                          Проф. Д-р.Бети Зафирова Ивановска, Редовен професор по предметот Епидемиологија

Продекан за финансии:

 Проф. Д-р. Златко Јаќовски, Професор по предметот Судска медицина

  Продекан за наука:

Проф. Д-р. Розалинда Попова, Редовен професор по предметот Интерна медицина